Aunque para el siglo 21 Pacific L.A. Marine Terminal LCC cuenta con numerosas medidas planeadas para reducir las emisiones contaminantes que se produzcan de la propuesta del Proyecto Pier 400, es obvio que la puesta en funcionamiento de esta instalación ocasionará un incremento de emisiones contaminantes en tierra firme. Esta es una innegable realidad para cualquier instalación, ya que hoy en día ningún tipo de operaciones tienen lugar dentro de la misma. Sin embargo, tal y como se demostró más arriba, el no tener la opción de un proyecto ocasionaría un mayor número de emisiones contaminantes. Esta disparidad en el impacto ocasionado por las emisiones en la región se hace aún mayor si incluimos en la ecuación una autoridad como el SCAQMD para la aprobación de los permisos requeridos para el funcionamiento de una nueva instalación como la del Proyecto Pier 400. Además de contar con una autoridad que regule las emisiones mensuales que ocurren en el borneadero, el SCAQMD requerirá que Pacific L.A. Marine Terminal LCC contrarreste las emisiones que produzca a un mayor nivel que las producidas por el proyecto, con la puesta en funcionamiento de las instalaciones en el borneadero (visite la sección acerca del SCAQMD para detalles).
Aunque el contrarrestar la cantidad de emisiones que se generen no se realice dentro del área del Puerto a cabalidad, la contaminación del aire es un tema tanto local como regional. La obligación de Pacific L.A. Marine Terminal LCC de contrarrestar las emisiones por medio de permisos es un beneficio excepcional para mejorar la calidad del aire de la región.